Прошло три десятилетия после разрушительной Третьей мировой войны и ядерного удара по столице Японии. На её месте возвышается Нью-Токио — город, внешне демонстрирующий порядок, но скрывающий жестокую реальность профашистского режима. Власти безжалостно подавляют любые признаки неповиновения, а в секретных лабораториях ведутся парапсихологические эксперименты над людьми, цель которых — создание идеального оружия.
На этом фоне обостряется конфликт между военными во главе с полковником Сикисимой, курирующим биологические исследования, и правительственными кругами. Одновременно в обществе набирает силу религиозное движение, поклоняющееся сверхчеловеку Акиру. Его последователи верят, что лишь явление этого мессии способно исцелить раны Японии и указать путь к возрождению.