2031 год. Прогресс в области кибернетики позволяет людям заменять утраченные конечности высокотехнологичными протезами. Капитан Мотоко Кусанаги из 9-го отдела службы безопасности расследует серию загадочных инцидентов, связанных с таинственным хакером, известным под именем Кукловод.
Её команда сталкивается со сложной сетью цифровых следов, которые ведут в самые тёмные уголки киберпространства. С каждым новым делом становится ясно, что Кукловод обладает невероятными способностями взламывать не только компьютерные системы, но и сознание людей с киберимплантами.