Испания, 1944 год. В суровых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, мечтательная десятилетняя девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает капитан Видаль — жестокий офицер франкистской армии, одержимый идеей уничтожить повстанцев любыми средствами. В этом мрачном мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости древний заброшенный лабиринт.
В глубине лабиринта её встречает таинственный Фавн, хранитель подземного царства. Через волшебную фею он раскрывает Офелии удивительную тайну: она — потерянная принцесса могущественного королевства, которую веками искал её бессмертный отец. Чтобы вернуть своё законное место, девочка должна до полнолуния выполнить три опасных испытания, храня свои приключения в строжайшей тайне ото всех.